Global Ops: Commando Libya conta a história fictícia de um conflito ocorrido no final da década de 1960, após um fato real: um avião transportando bombas atômicas cai no Ártico; um dos artefatos some e então começa uma busca desesperada para que o material não caia em mãos inimigas.
Você assume o papel de um oficial das Forças Armadas dos Estados Unidos e começa um trabalho de espionagem e conflito aberto para que a bomba atômica não seja vendida no mercado negro da indústria bélica mundial.
